TÜBA-GEBİP Üyesi Dr. Öğretim Üyesi Mert Gür’ün Projelerine ABD ve AB’den Büyük Destek
2016 TÜBA-GEBİP Ödülü sahibi ve İTÜ Makine Fakültesi, Makine Mühendisliği Bölümü Dr.Öğretim Üyesi Mert Gür’ün yürütücülüğünü üstlendiği biri yeni koronavirüs kapsamında olmak üzere iki uluslararası proje Amerika Birleşik Devletleri ve Avrupa Birliği’nden büyük destek aldı.
Koronavirüsün insan hücrelerine bağlanmasını sağlayan proteininin aktifleşme mekanizması dünyada ilk defa Moleküler Dinamik Simülasyonları ile modellendi.
“Moleküler Dinamik Simülasyonları Kullanarak SARS-CoV-2 Spike Glikoproteininin Hücreye Bağlanma ve Füzyon Mekanizmasının Araştırılması“ adlı projeyi yürüten Dr. Gür “Bu proje öncesinde, sadece İTÜ Ulusla Yüksek Başarımlı Hesap Merkezi’nin (UHeM) öz kaynaklarını kullanarak gerçekleştirdiğimiz çalışmamızla, Koronavirüsün insan hücrelerine bağlanmasını sağlayan proteininin henüz tüm detaylarıyla bilinmeyen aktifleşme mekanizmasını dünyada ilk defa Moleküler Dinamik Simülasyonları ile modelleyip aydınlattık. Şu an makale yazım aşamasını yarıladık.” dedi.
Yeni Koronavirüs ile mücadele kapsamında ABD Beyaz Saray Bilim ve Teknoloji Politikası Ofisi, ABD Enerji Bakanlığı ve IBM ortaklığı ile açılan proje çağrısına UC Berkeley ile gönderdikleri modelleme proje başvurularının iki gün gibi kısa bir süre sonra desteklenmeye karar verildiğini belirten Dr. Gür, “Buna ek olarak, nanoteknolojinin geleceği açısından son derece kritik yere sahip olan dinein motor proteini konusunda UC Berkeley ve MRC Laboratory of Molecular Biology ile iş birliği yaparak başvurduğumuz dev ölçekli proje de Avrupa Birliği (AB) tarafından desteklenmeye hak kazandı. Yürütücü olarak görev aldığım iki projede de toplamda 73.400.000,00 çekirdek saatlik bilgisayar kullanım kaynağı tarafımıza sağlanıyor. Söz konusu destekler, bizlere İTÜ-UHeM’in senelik toplam hesaplama kapasitesinin yaklaşık iki katına denk gelen dev bir kaynak sağlıyor.” diye konuştu.
Yeni Koronavirüs ile mücadele kapsamında uluslararası düzeyde yapılan ilaç araştırmalarına katkı sağlaması bekleniyor.
Koronavirüs yüzeyinde bulunan spike proteini önce insan hücrelerindeki ACE2 reseptörüne bağlanarak mekanik hareketlerle virüs ve hücre zarlarını birleştirdiğini ve sonrasında genetik materyalinin insan hücresine girmesinin sağlandığını ifade eden Gür sözlerine şu şekilde devam etti: “Böylelikle insan hücresi virüs ile enfekte oluyor. Projenin amacı, bu mekanizmayı herhangi bir aşamada engelleyebilecek stratejileri ortaya çıkartmaktı. Bu çerçevede, spike proteininin reseptöre bağlanması, yapısal değişime uğraması ve hücre zarı ile etkileşmesi fizyolojik şartlar altında gerçek zamanlı olarak Moleküler Dinamik Simülasyonları ile modellenecek.
Diğer projedeki hedefimiz ise, dinein nanomakinesinin çalışma mekanizmasının moleküler seviyede yapı, hareket ve enerji yönleri ile aydınlatılmasıydı. Böylelikle nanomakinenin mekanik hareketini sağlayan motorun ve nanomakinenin mikrotübül üzerinde yürümesini sağlayan aksamın çalışma prensipleri konularında henüz literatürde bilinmeyen özgün bilgiler elde edilecek. Böylelikle, nanoteknoloji alanına doğrudan uygulanabilecek mekanik parçalar ve prensipler konusunda son derece önemli bilgilerin ortaya çıkması amaçlanıyor.”
Koronavirüs konusundaki projenin, konunun yüksek aciliyeti ve önemi sebebiyle 3 ay içerisinde gerçekleştirilmesinin hedeflendiği bilgisini de veren Dr. Mert Gür “Dinein nanomakineleri konusundaki projemiz ise bir sene içerisinde gerçekleştirilecek. Her iki proje kapsamında dünyanın en ileri teknolojisine sahip süper bilgisayarlarında yüzlerce bilgisayar işlemcisi kullanılarak proje konusu proteinlerin mekanizmaları ile ilgili eşsiz büyüklük ve kapsamda modelleme bilgisi üretilecek.” dedi.
Dr. Öğretim Üyesi Mert Gür kimdir?
2006 yılında ODTÜ Mühendislik Fakültesi Makine Mühendisliği Bölümü’nden mezun olan Dr. Gür, 2010 senesinde Koç Üniversitesi Hesaplamalı Bilim ve Mühendislik doktora programında doktora çalışmalarını tamamladı. Mezuniyetini takiben Amerika Birleşik Devletleri’nde Pittsburgh Üniversitesi (University of Pittsburgh) Tıp Fakültesi’ndeki Hesaplamalı Biyoloji ve Sistem Biyolojisi Bölümü’nde Doktor Araştırma Görevlisi olarak çalışmaya başladı. 2012 senesinde ek olarak aynı üniversitenin Makine Mühendisliği ve Malzeme Bilimi Bölümü’nde Öğretim Görevlisi olarak dersler veren Dr. Gür, 2014 senesinde UC Berkeley’deki Lawrence Berkeley National Laboratory’de Yapay Fotosentez Merkezi’nde (Joint Center for Artificial Photosynthesis) Doktor Araştırma Görevlisi olarak çalışmalara katıldı. 2015 senesinde İTÜ Makine Fakültesi’ne Yardımcı Doçent olarak atandı. 2016 yılında Pittsburgh Üniversitesi Tıp Fakültesi’ndeki Hesaplamalı Biyoloji ve Sistem Biyolojisi Bölümü’nde, 2017 yılında ise UC Berkeley'de Kimya Fakültesi’nde Misafir Bilim İnsanı olarak akademik çalışmalar gerçekleştirdi. 2018 senesinde İTÜ Fen Bilimleri Enstitüsü Müdür Yardımcılığı, 2020 senesinde ise Makine Fakültesi Dekan Yardımcılığı görevlerine başlayan Dr. Gür, halen her iki görevini de sürdürüyor.
2016 yılında TÜBA-GEBİP Ödülü’nün sahibi olan ve Dr. Öğretim Üyesi Mert Gür, 2019 senesinden bu yana İTÜ Ulusal Yüksek Başarımlı Hesaplama Merkezi’nin (UHeM) Danışma Konseyi Üyesi ve Merkez Müdürü İş Geliştirme Danışmanı olarak görev yapıyor.